Né à Brooklyn de père juif et de mère catholique, Witkin est témoin à l'âge de six ans d'un accident de voiture prémonitoire de son univers photographique: la tête coupée d'une petite fille roule à ses pieds. Dès l'âge de 16 ans, Witkin prend en photo des personnes au physique hors-normes. Il commence à exposer en 1969. Il étudie la sculpture et obtient une licence de beaux-arts en 1974. Après son installation à Albuquerque, il fait une thèse sur la photographie et enseigne à l'université.
Witkin est fasciné par les êtres aux caractéristiques physiques étranges, difformes et singulières, qu'il recrute par petites annonces pour créer ses photos. Celles-ci sont des mises en scène soignées de portraits de personnes mêlées à des objets dans un assemblage baroque et hétéroclite. Les photos sont souvent retravaillées (griffures sur le négatif, traitements chimiques, maculage, etc.). Witkin crée une ambiance qui renforce l'aspect morbide des sujets et la poésie de la prise de vue. Pour l'exposition de la BnF en 2012, les photographies sont ainsi confrontées à des estampes anciennes (issues du même département des Estampes et de la Photographie de la Bibliothèque nationale de France) autour des thèmes du corps, du nu, de la mort et de l'étrange.